设立计算生物学部、数据资源部、工具开发部、应用发展部、信息安全部、生信服务部和运维保障部七个科研业务部门，中心先后组建了基因组科学与信息精准基因组医学两个中国科学院重点实验室、所级公共技术服务中心；2019年6月，获科技部、财政部联合批复建设国家基因组科学数据中心；2024年4月，imToken，为全面转型加速建设国家生物信息中心， ， 根据学科发展前沿和国家重大需求，。